С 1998 года работает в сфере международной гуманитарной помощи и благотворительности.
Более десяти лет посвятила работе в Организации Объединенных Наций. Занималась организацией чрезвычайной помощи пострадавшим в результате военных конфликтов и стихийных бедствий, защитой беженцев и обеспечением соблюдения международных принципов защиты прав человека, координацией работы агентств системы ООН в России и за рубежом.
С 2013 года занимается реализацией международных проектов в российских некоммерческих организациях.
Екатерина занимала должность заместителя председателя правления в фонде просвещения «Мета» с 2013 по 2016 год. С 2017 по 2019 год была исполнительным директором благотворительного фонда «Познание».

Екатерина является директором благотворительного фонда «Я в помощь» с 2020 года.